Biologisten näytekuvien hallinta

Yhteenveto artikkelista Crick, M.. 2005: Image File Management. In: Häuser et al. (eds.): Digital Imaging of Biological Type Specimens. A Manual of Best Practice. Results from a study of the European Network for Biodiversity Information: 41-55. Stuttgart. Saatavissa verkosta.

Digitaalisten kuvatiedostojen hallinta on tärkeä osa biologisten näytteiden valokuvausprosessia. Hallinnassa tulee ottaa huomioon

1. Kuvaformaatit
2. Tiedostojen varastointi
3. Tiedostojen organisointi.

Tärkeimpiä seikkoja kuvien hallinnassa on niiden säilyvyyden varmistaminen.

Kuvien tallennus

Kuvaformaatit (tiedostotyypit) voidaan jakaa tietoa hävittäviin ja tietoa hävittämättömiin formaatteihin sekä avoimiin ja suljettuihin formaatteihin.

Useimmiten kuvatiedostoja pakataan tallennustilan säästämiseksi. Eri kuvaformaateissa käytetään erilaisia pakkausmenetelmiä. Tietoa hävittävässä formaatissa kuvatiedosto on pieni, mutta kuva muuttuu ja osa sen sisältämästä informaatiosta katoaa tallennettaessa (esim. JPG). Tietoa hävittämättömissä formaateissa kuva ei muutu, mutta vie enemmän tilaa (esim. TIFF (lzw-pakattuna), PNG, PSD).

Kuvia voi myös pakata ulkoisilla ohjelmilla, kuten WinZIP tai WinRAR. Nämä eivät hävitä kuvatiedoston informaatiota. Mitä tahansa pakkausmenetelmää käytetäänkin, on tärkeä kertoa metadatan yhteydessä mitä pakkaustapaa on käytetty ja miten kuvan saa purettua käyttöön.

Avoimilla formaateilla tarkoitetaan käytännössä niitä, joiden käyttö ei ole sidottu tietyn valmistajan ohjelmiin. Esim. JPG tai TIFF-kuvia voi katsella hyvin monilla ohjelmilla, kun taas PSD vaatii Photoshop-ohjelman käyttöä.

Tallennusprosessissa syntyvät kuvatiedostot voidaan jakaa kolmeen luokkaan:

1. Arkistotiedostot ovat kamerasta saatuja, muuttamattomia tiedostoja (yleensä RAW tai JPG). Ne pitäisi arkistoida alkuperäisessä muodossaan.
2. Master-tiedostot on tehty arkistotiedostoista muokkaamalla (esim. valotuksen säätö, kuvamontaasit). Ne pitäisi tallentaa tietoa hävittämättömässä muodossa (esim. TIFF).
3. Käyttötiedostot tehdään master-tiedostoista nopeaa jakelua varten (useimmiten vasta siinä vaiheessa kun jakelu on ajankohtaista). Tästä syystä pieni tiedostokoko on tavoiteltavaa, joten ne kannattaa tallentaa pakatussa tai ”laatoitetussa” muodossa (”tiled”, esim. JPG tai MrSID). Avoimen tiedostoformaatin käyttö helpottaa kuvan käyttämistä.

Kuvien organisointi

• Pidä tiedostonimet yksilöllisinä. Käytä aina kolmikirjaimista tiedostopäätettä.
• Kuvat kannattaa jakaa loogisiin hakemistoihin, mutta metadataa ei pidä tallentaa niiden nimiin.
• Liitä kuviin aina niitä kuvaileva metadata, joka kannattaa tallentaa kuvanhallintajärjestelmään.

Kuvien varastointi

Sopivin kuvien varastointi riippuu usein omasta organisaatiostasi. Varmuuskopiointi on tärkeää, mikään varastointitapa ei ole takuuvarma.

CD tai DVD-levyt

• Käytä laadukkaita, akistointiin tarkoitettuja levyjä
• Älä tallenna täydellä nopeudella
• Jos käytät kuvia säännöllisesti, tee arkistolevyn lisäksi erillinen käyttölevy
• Tarkista levyn toimivuus tallennuksen jälkeen
• Varastoi levyt viileässä, pimeässä ja kuivassa paikassa
• Tarkista levyt säännöllisesti ja kopioi niiden sisältä uusille levyille n. viiden vuoden välein
• Luo levylle arkistojärjestelmä, jotta löydät ne myöhemminkin. Talleta levyn sijainti kuvien metadataan

Kiintolevy

Varmuuskopioi kuvat myös muualle.

Verkkolevyt

Tämän käyttömahdollisuus- tai tapa riippuu omasta organisaatiostasi. Verkkolevyjen etuna ovat varmuuskopioinnin helppous ja se että kuvat ovat monen käyttäjän käytettävissä samanaikaisesti.

Kuvanhallinta- ja julkaisuohjelmistot

Pientä kuvakokoelmaa voi hallita ilman sitä varten suunniteltua ohjelmistoa, mutta kuvien määrän kasvaessa kuvanhallintaohjelmiston käyttö on suositeltavaa. Sopivan ohjelmiston valinta riippuu oman organisaatiosi tietojärjestelmistä.

Ohjelmistoja löytyy laidasta laitaan. Yksinkertaisimmissa on vain yksinkertaisia haku- tai selaustoimintoja. Laajimmissa ohjelmistoissa kuviin voidaan liittää monipuolista metadataa, jota voi käyttää kuvien etsimisessä, lajittelussa yms. sekä kuvien verkkojulkaisemisessa. Yksi ratkaisu on rakentaa ohjelmisto itse. Lisäksi on olemassa tiedostonhallintajärjestelmiä, joihin voidaan tallentaa muitakin tiedostoja kuin kuvia.